Der Umzug zur Großtante hat für die kleine Mary magische Folgen: Zwei Katzen bringen sie mit einer geheimnisvollen Blume in Kontakt, und unversehens reist Mary auf einem fliegenden Besen zu einer geheimen Hexenakademie hoch oben in den Wolken. Hier wird sie irrtümlicherweise für eine neue Schülerin gehalten, was ihr zuvor eintöniges Leben auf den Kopf stellt.

Regisseur Hiromasa YONEBAYASHI arbeitete lange für STUDIO GHIBLI. MARY AND THE WITCH’S FLOWER entstand in Zusammenarbeit mit ehemaligen Ghibli-AnimatorInnen bei Studio Ponoc